Masson染色
是指用两种或三种阴离子染料混合，用来显示组织中纤维的主要染色方法之一。主要用于区分胶原纤维和肌纤维，胶原纤维呈蓝色，肌纤维呈红色。
病理诊断意义
（1）器官硬化性疾病的观察：如肝硬变、心肌瘢痕的观察，胶原染色更易于观察诊断。
（2）瘢痕与淀粉样物质鉴别。
（3）骨纤维异常增殖病与骨纤维化的鉴别。
PAS染色
又称过碘酸雪夫染色（PeriodicAcid-Schiff stain），过碘酸会把糖类相邻两个碳上的羟基氧化成醛基，再用Schiff试剂和醛基反应显紫红色。
病理诊断意义
主要用来检测组织中的糖类。
天狼猩红染色
天狼星红是一种很强的酸性染料，它可以和胶原纤维反应使胶原纤维产生明显的双折光现象，用于分辨不同类型的纤维类型。偏光显微镜下，胶原纤维呈红色，胞核呈绿色，余呈黄色。
番红固绿染色
番红O是一种结合多阴离子的阳离子染料，嗜碱性的软骨与碱性的染料番红结合呈红色。番红O着色与阴离子的浓度近似成正比关系，间接反映了基质中蛋白多糖的含量和分布。当软骨受到损伤时，软骨中的糖蛋白会释放出来，使基质成分分布不均匀，从而导致番红O 淡染或不着色。
病理临床意义
骨组织的番茄固绿染色可直观反映关节软骨、软骨下骨和骨组织的结构，是研究骨性关节炎组织形态最常用的一种特殊染色法。
甲苯胺蓝染色
甲苯胺蓝属于醌亚胺染料类，是碱性染料，甲苯胺蓝中的阳离子有染色作用，组织细胞的酸性物质与其中的阳离子相结合而被染色。可染细胞核使之呈蓝色；肥大细胞胞质内含有肝素和组织胺等异色性物质遇到甲苯胺蓝可呈异染性紫红色。
病理临床意义
可用于尖锐湿疣的初筛及肥大细胞的检测。
尼氏染色
尼氏染色法是由德国病理学家 Franna Nissl于 1892 年创立的，用碱性染料以发现尼氏体和尼氏体变性而广为应用。
尼氏体是胞质内的一种嗜碱性物质，广泛见于各种神经元，不同神经元中的尼氏体形状、大小和数量则各有差异。尼氏染色法可以染出尼氏体，用来观察神经元内的细胞结构，还可以通过尼氏染色后对尼氏体的观察来了解神经元与胶质细胞的数量及损伤情况。
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